Historikere har længe undret sig over det faktum, at indianere med lethed ville kunne have udryddet kolonien, men ikke benyttede sig af chancen trods talrige lejligheder. Kolonisterne var tå, men godt bevæbnede. Indianerne i området var et stykke tid forinden kolonisternes ankomst blevet forenet i Powhatan-konføderationen, der bestod af i alt 32 stammer og omkring 200 landsbyer med en befolkning på op mod 10.000. En så stor samlet styrke kunne uden videre have udslettet den spinkle og sårbare koloni, men valgte imidlertid tålmodigt at vente og se tiden an. Da kolonien til og med i efteråret 1607 havde meget knappe føderessourcer, hjalp indianerne dem gennem vinteren ved at give dem mad. Måske var det netop denne indianske enhed, der i længden gav kolonien en chance for overlevelse. Powhatankonføderationens leder, Wahunsonacock (eller Kong Powhatan), hvis far havde grundlagt konføderationen, opretholdt freden i nervøst samarbejde med kolonisternes leder, kaptajn John Smith. De så sikkert begge en fordel i fredelig sameksistens, og indtil videre var der plads nok til alle.

I denne periode spillede Wahunsonacocks datter, Matoaka (eller Pocahontas), en ikke ubetydelig rolle for kolonien. Hun opholdt sig meget af tiden i kolonien og legede med de hvides børn (hun var selv 11 år i 1607). I de tider, hvor maden var knap, skaffede hun mad til kolonien trods hendes fars afvisende holdning (måske for at bevise sin magt og de hvides afhængighed). I de første år kom Matoaka således til at flingere som både ambassadør, forhandler, mægler og tolk, og i et bestemt tilfælde i 1608 reddede hun Smith fra henrettelse, da han var blevet taget til fange af indianerne.

De hvide begyndte dog hurtigt at føle sig hjemme i det nye land, og efterhånden som kolonien voksede sig større og mere magtfuld, opførte kolonisterne sig i stigende grad hensynløst og manipulerende over for indianerne. Når indianerne enten ikke ønskede at handle med de hvide, eller de hvide mente, at indianerne havde bedraget, slog de hårdt ned på indianerne, angreb deres landsbyer (nogle gange de forkerte), ødelagde markerne og maddepoterne og dræbte indbyggerne. Matoaka blev desuden taget til fange og holdt gidsel af de hvide som sikkerhed mod indianske modangreb. Denne begivenhed førte imidlertid til Matoakas ægteskab med englænderen John Rolfe (nej, ikke John Smith!), der senere sammen drog til England, hvor hun blev hyldet som en prinsesse og betog en hel nation (inklusive hoffet). Kort efter afrejse på vejen hjem til Amerika blev Matoaka dog i 1617 syg (sandsynligvis kopper, der hærgede hele østkysten af Amerika i 1600-tallet), døde og blev begravet på en lille kirkegård i Gravesend ved Themsen.

Den første Powhatan-krig (1622-32)

Urolighederne mellem hvide og indianere eskalerede og syntes uundgåeligt at føre mod regulær krig. Wahunsonacock døde i 1618, og hans mere fjendtligt indstillede bror, opechancanough, blev leder af Powhatan-konføderationen. Reaktionen kom dog ikke prompte. Den direkte anledning til krigen kom i 1622, da en englænder ved navn Morgan forsvandt under en handelsrejse. Senere dukkede indianeren Nemattanow op med Morgans hat. Indianeren blev omgående beskyldt for mordet på Morgan og skudt sumarisk. Dette førte til, at indianerne organiserede et samordnet angreb på 74 af kolonisternes 80 plantager, hvor i alt 347 hvide mænd, kvinder og børn blev dræbt, ud af en samlet befolkning på under 2.000 kolonister.

I første omgang lod kolonisterne til at være lamslåede og søge fred, men i virkeligheden pønsede de på hævn. Indianernes angreb gav dem den perfekte undskyldning og, i deres øjne, retfærdiggørelse af en nådesløs krig mod ALLE indianere (som kristen juridisk teori tillod det mod hedninge). Desuden tjente begivenheden til at forene de splittede kolonister mod en fælles fjende. Englændernes hævn bestod i en række angreb på tilfældige indianerlandsbyer, der blev brændt ned, indbyggerne dræbt, maddepoter og majsmarker ødelagt. Formålet var uden tvivl at knække indianerne og drive dem længere ind i landet, om ikke direkte udryddelse. En kendt strategi var at invitere indianerne til forhandlinger i den tro, at kolonisterne ønskede fred, hvorefter de hvide satte et overraskelsesangreb ind og dræbte indianerne. I mindst et tilfælde gav kolonisterne indianer forgiftet mad ved en af disse "fredsforhandlinger".

Krigshandlingerne fortsatte indtil 1632, hvor en endelig fredsafiale kom i stand som resultat af udmattelse på begge sider. Freden blev genoprettet, men tilliden mellem parterne var knækket for evigt. Kolonisterne udstedte i 1632 en lov, der forbød hvide at tale frivilligt med indianere. De skulle desuden øjeblikkeligt bringe indianere til koloniens ledere, og overtrædelse af disse regler medførte hårde straffe. En anden lov gav kolonien ret til at sammensætte et hævntogt til passende afstraffelse af indianere, hvis indianerne "forulempede" de hvides bosættelser eller blev set "luske omkring" ved plantagerne.

Den anden Powhatan-krig (1644-46)

12 år senere, den 18. april 1644, satte Opechancanough et andet samordnet angreb ind mod englænderne. Denne gang blev næsten 500 af en samlet befolkning på 8.000 kolonister dræbt. Koloniens leder, guvernør William Berkeley, arrangerede hurtigt et modangreb bestående af mindre grupper af velbevæbnede soldater, der angreb indianernes landsbyer. Berkeley tog til England for at skaffe flere våben og mere ammunition, og i 1646 lykkedes det ham at tage Opechancanough til fange, hvilket gav Berkeley mulighed for senere at diktere fredsafialens strenge betingelser.

Opechancanough, der sagdes at have været over 100 år på dette tidspunkt og temmelig svagelig, blev båret på sin båre til Jamestown, hvor han skamløst blev fremvist for pøblen som den slagne ijende. opechancanough bebrejdede Berkeley behandlingen og sagde, at hvis situationen havde været omvendt, havde han aldrig nedladet sig til at fremvise Berkeley på denne måde. Berkeley rettede sig efter den gamle indianer, men kort efter blev opechancanough skudt af én af vagterne. I andre udgaver af denne hændelse udtaler opechancanough først bebrejdelsen, efter at han var blevet skudt.

Efter opechancanoughs død stod det klart for indianerne under deres nye leder Necotowance, at Jamestown var kommet for at blive. I årene efter 1646 blev freden sat på en hård prøve. Kolonisternes antal steg kraftigt, og behovet for nyt land steg tilsvarende. Dermed blev det hurtigt umuligt for englænderne at overholde 1646-fredsaftalen, der definerede henholdsvis de hvides og indianernes områder Eksproprieringen af indianernes land tog fart, og for at holde indianerne i skak angreb kolonisterne med mellemrum indianerlandsbyerne som ved tidligere lejligheder. Angreb og hævntogter fra begge sider fortsatte i årene fremover, men først i 1676 udbrød der igen decideret krigstilstande i Virginia-området.

Bacon-oprøret (1675-76)

I tiden umiddelbart efter Opechancanoughs død var der fred, men forholdet mellem indianerne og kolonisterne blev mere og mere anspændt. Der ankom flere og flere kolonister, hvilket medførte et stigende behov for jord, men også et stigende hovmod og respektløs arrogance over for indianerne. Denne situation ledte frem til en besynderlig begivenhed, der kan tolkes som en konflikt mellem to fraktioner af kolonister og disses forskellige syn på, hvordan "indianerproblemet" skulle løses.

I juni 1675 tog nogle Doeg-indianere et antal grise hos en kolonist ved Potomac-floden, som de mente skyldte dem for nogle varer, som han havde modtaget, men ikke betalt for. Kolonisten organiserede en aktion, hvor nogle indianere blev skudt og grisene hentet tilbage. Indianerne svarede igen ved at angribe kolonistens plantage igen og dræbte en hyrde.

Den lokale milits satte sig for at "undersøge" sagen og dræbte efterfølgende adskillige Doeg-indianere, samt 14 Susquehannock-indianere, der intet havde med episoden at gøre. Guvernør Berkeley sendte i august to officerer ud for at komme til bunds i sagen og fastlægge ansvaret for episoden. Med 1000 militsfolk i ryggen opsøgte de Susquehannockerne, der blev beskyldt for angrebene, hvilket de dog nægtede. Stik mod ordren blev fem høvdinge ført væk og skudt. Berkeley blev ude af sig selv af raseri, men vidste, at indianernes hævn var uundgåelig. Susquehannockerne angreb i løbet af januar 1676 de yderste plantager i Virginia-kolonien og dræbte 36 personer.

Af frygt for en større koalision af flere stammer som længere nord på i New England styrkede Berkeley koloniens forsvar efter bedste evne og forsøgte at bevare et fredeligt forhold til de omkringboende stammer. Men hans anstrengelser skulle blive ødelagt af hans unge, indianerhadende fætter Nathaniel Bacon, jr., der som nyankommen til kolonien samlede en gruppe frivillige, der på ulovlig vis angreb mange af de omkringboende stammer, som Berkeley havde formået at bevare freden med og som ikke på nogen måde var involveret i episoden. Bacons folk dræbte udelukkende fredelige indianere, og slet ingen af dem, som striden omhandlede. Berkeley stemplede Bacon som oprører og forræder, men denne angreb og erobrede Jamestown under borgerkrigsagtige forhold, hvor byen blev brændt af Hele oprøret endte med, at Bacon døde under en "blodstyrtning" (sandsynligvis tuberkulose) den 26. oktober 1676. Oprøret døde med ham.

Berkeley indtog atter Jamestown, roen blev genoprettet, og Berkeley blev kaldt til England for at forsvare sin dårlige håndtering af affæren. I 1677 blev der underskrevet en fredsaftale mellem kong Charles II og mdianerstammerne i Virginia, hvilket stort set sikrede freden i kolonien et godt stykke ind i det næste århundrede.